Determinadas todas las características clínicas causadas por un gen ligado a epilepsia y autismo
por Mar Benito, Msc https://www.linkedin.com/in/marbenito/
Los científicos del Children’s Hospital of Philadelphia afiliado al Epilepsy Neurodegenerative Initiative han llevado a cabo un análisis genético y clínico de más de 400 individuos con trastornos relacionados con el gen SCN2A. Este gen se ha asociado con una gran variedad de enfermedades del neurodesarrollo, que incluyen la epilepsia y el autismo.
Las variantes patogénicas de SCN2A causan un amplia gama de fenotipos del neurodesarrollo. Las correlaciones fenotipo-genotipo son muchas veces anecdóticas, y los datos fenotípicos no se analizan sistemáticamente. Los investigadores han extraído información de descripciones primarias de trastornos relacionados con SCN2A publicadas en la literatura entre 2001 y 2019, y las han codificado siguiendo los criterios de Human Phenotype Ontology (HPO). Con los términos fenotípicos de alto nivel inferidos por la estructura de HPO, se han evaluado las frecuencias de las características clínicas y se han investigado las asociaciones de estas características con los tipos de variantes de la proteína Nav1.2.
Se analizaron 413 individuos no relacionados, de los que se derivaron 10.860 anotaciones clínicas siguiendo los términos de HPO, con un total de 562 términos únicos. Esto permitió asociar las características clínicas con sus variantes genéticas específicas. Las variantes causantes de proteínas truncadas se asociaron con autismo y anomalías de comportamiento. Las variantes missense, independientemente del tipo, se asociaron con un inicio neonatal, espasmos epilépticos y convulsiones. Se identificó un fenotipo similar en 6 de cada 62 variantes de SCN2A. Además, utilizando un análisis de componente principal para simplificar la complejidad de los datos, se vio que tres componentes principales independientes eran los causantes del 33% de la variabilidad fenotípica, lo que permitió separar bien las variantes de ganancia de función de las de pérdida de función.
Según los autores, este estudio demuestra que traducir las características clínicas a un formato computable utilizando un lenguaje estandarizado permite el análisis cuantitativo del fenoptipo, mapeando el paisaje fenotípico de los trastornos relacionados con SCN2A con un detalle sin precedentes, y revelando las correlaciones genotipo-fenotipo a lo largo de un espectro multidimensional.
Estos hallazgos ayudan a definir subclases dentro de los trastornos relacionados con SCN2A que pueden abrir el camino para futuras estrategias de medicina de precisión que pueden ayudar mucho a estos pacientes.
Fuente: https://www.genengnews.com/news/broad-range-of-clinical-features-for-gene-linked-to-epilepsy-and-autism-described/
